忠孝院區藥劑科編制33位藥師，設有門急診藥局組、住院藥局組、藥品管理組、臨床藥學組、中藥局組，設備儀器完善並逐年汰舊換新。此外，本科亦肩負教學醫院的責任，做為藥學實習生、畢業後藥師訓練以及其他藥學專業訓練之場域，除了定期檢討相關臨床教學訓練計畫外，亦持續精進藥學相關知識與技能，包含實證醫學、糖尿病共同照護、慢性腎衰竭照護以及抗凝血藥事評估等，以期擴展臨床服務的內涵及品質。