本院隸屬於臺北市政府衛生局,置總院長1人、副總院長4人、院區院長7人,下設23部、2中心、12室,組織架構圖如下: 總院長 副總院長 (4人) 院區院長 (7人) 林森中醫昆明院區 松德院區 陽明院區 忠孝院區 和平婦幼院區 仁愛院區 中興院區 行政單位 1中心 12室 4組 30股 醫療單位 23部 1中心 54科 30組 政風室 會計室 醫學工程室 工務室 總務室 社會工作室 企劃行政中心 營養部 藥劑部 傳染病防治部 中醫醫學部 檢驗部 特殊醫學部 精神醫學部 緊急醫療部 耳鼻喉部 兒童醫學部 骨科部 內科部 人事室 資訊室 勞工安全衛生室 秘書室 稽核室 醫療事務室 兒童發展評估療育中心 護理部 教學研究部 口腔醫學部 影像醫學部 病理部 復健醫學部 社區醫學部 眼科部 麻醉部 婦產部 外科部
本院隸屬於臺北市政府衛生局,置總院長1人、副總院長4人、院區院長7人,下設23部、2中心、12室,組織架構圖如下: